建设工程施工合同是工程建设质量控制、进度控制、投资控制的主要依据。合同的签订与执行直接关系到工程的价款支付，影响到工程的投资效益，对合同签订、履行和终结过程的跟踪审计，应纳入常规的工程审计之中。
一、合同跟踪审计的必要性
建设工程合同是工程付款和竣工结算等活动的重要依据。随着我国教育事业的飞速发展，高校建设工程的规模逐渐扩大，投资融资的渠道多种多样，合同关系越来越复杂，合同条款也越来越多。施工合同如果不够规范和严密，可能给建设单位或承包单位带来直接或间接的经济损失，给竣工结算埋下隐患。这就要求保证合同签订内容的合法性、全面性和严密性。但审计中发现，不少建设项目的施工合同内容不全面、条款不规范、语言不缜密，重要条款约定不清，成为工程结算出现扯皮情况的根源。为有效促进施工合同的合法签订和履行，促进高校加强工程合同管理，开展施工合同审计工作十分必要。
跟踪审计的关键在于动态控制，就是对合同的签署和履行情况进行全过程跟踪，尤其是对分包合同的签订、对签证的审核、对索赔的确认等，都要以总承包合同为基础和本源。离开了原总包合同，有可能不该签的签证签了，不该赔付的索赔付了，给学校造成经济损失。
二、合同跟踪审计的重点
开展工程施工合同跟踪审计工作，要重点关注两方面的内容：一是在合同起草和签订阶段，加强对合同条款的审核；二是在合同履行过程中，审查付款和索赔是否符合合同规定的方式和数量，是否签署了违背原总包合同的施工签证或补充协议。
(一)合同制定阶段的审计
加强合同签订过程中的条款审核，如审核合同中的责权利、质量、工期、取费、拨付款办法、奖罚、保修及时效等是否全面合规，施工过程中的主要条款是否与招标文件、中标条件相符。如果有甲方直接分包的项目，审核分包价格是否合理，分包合同条款是否合规。
1. 审查合同主体资格
对承包方主要应审查施工资质情况、施工组织能力、社会信誉度、财务状况等，审查是否存在借用资质或非法转包情况，所承包的专业工程是否超越其资质能力等。上述内容是体现履约能力的基本指标，审计人员应认真调查、分析和考证，并做出专业判断，若发现问题，要督促基建管理部门及时补救，防止造成施工延误、质量不过关等被动隋况，维护学校的经济利益。
2. 合同形式要适当
随着《建设工程工程量清单计价规范》的实施，工程计价模式进入“企业自主报价、市场竞争形成价格”阶段。2003年颁布的清单计价规范，对合同形式没有作具体规定，但由于缺少与工程量清单计价模式相配套的合同示范文本，人们一般仍按照以前的习惯，对规模大、工期长的工程采用单价合同为主、总价
合同为辅的合同形式，对于规模小、技术简单、工期较短的工程，则采用总计合同。然而在规范的使用过程中，出现较多问题，导致风险分配明显不公，有的因为施工单位承担了过多的风险而造成施工厌恶，甚至影响工程质量。2008年修订后的清单计价规范第4.4.3条明确规定，实行工程量清单计价的工程，宜采用单价合同方式，即，合同约定的工程价款中所包含的工程量清单项目综合单价，在约定条件内是固定的，不予调整；在约定条件外，允许调整。但调整方法应在合同中约定。
3. 语言表达要缜密
合同语言表达要做到清晰和严谨，减少或防止不必要的法律纠纷。如果合同出现文字漏洞，则有可能引起对方的索赔甚至诉讼，即使己方不存在过错，也有可能处于被动地位。合同订立过程中，囿于表意人的知识、经验和判断能力，合同当事人的意思有时表达得不够清楚、明白，就可能在当事人之间发生争议。如某网架施工合同中有一“屋面及外挑部分天棚为银灰色铝塑板覆面，本次投标不考虑该部分报价”的条款，履约过程中产生很大争议，施工方认为该条明确行政楼屋面工程不在其报价范围内，它没有合同义务完成这部分工程，除非另行加价；而建设方则坚持行政楼网架工程中的屋面板部分，理应包括在原告报价范围内，施工方拒绝施工或另行要价属违约行为。双方各执已见，遂纠纷成讼。可见，完整、缜密的语言表达是对合同的基本要求。
4. 风险分配要适当
任何一种风险都应由最适宜承担该风险或最有能力承担该风险损失的一方来承担。有时，虽然通过不对称的合同条款将风险转移给对方，但由于风险责任与权力平衡的关系，这种转移后面往往隐藏着更大的风险。如承包商为了抵偿承担风险造成的损失，将主要精力放在索赔上，不但影响投资，而且影响工程进度和质量；有的承包商由于承担较大的风险损失，在材料质量等方面铤而走险，可能会给建设方带来更大的经济损失。
合理规避风险，审计人员必须把握一定的度。既要防止甲方承担不应有的风险，又要防止向乙方过度转嫁。项目参与者承担相应的风险，对其最大限度地发挥工作积极性具有促进作用。如果项目参与者不承担任何风险，就没有任何责任，也就失去了控制风险的积极性，对工作不利。2008年版清单计价规范对施工过程中由于材料价格变动幅度过大造成的风险进行了适当的约定，充分体现了这一原则。
5. 合同审计要有侧重
施工合同的标准文本内容很多，跟踪审计应对合同的实质性内容即合同中确定双方当事人基本权利与义务的条款重点关注。工程价款、工程质量和施工工期对签订施工合同双方的利益影响最大，决定了双方的基本权利与义务，是合同的实质性内容，也是审计的重点，其中的造价条款是审计的重中之重。
审计合同价款，要在以下方面多加考虑：
一是审查合同计价方式是否符合工程特点，对预付款、进度款拨付的约定是否清晰、合理，是否与国家、地方和学校的有关规定相违背。二是对于采用工程量清单计价的施工合同，重点审计条款是否符合《建设工程工程量清单计价规范》。三是审查合同是否与招标文件相一致，注意在招投标过程中形成的书面答疑、澄清文件和承诺书等是否作为合同文件的组成部分。四是合同价款是否与投标文件相一致，是否另行订立了与合同实质内容不一致的其他协议。五是审查违约责任条款是否明确、具体、有效，违约金、赔偿金的数额和计算方法是否合理、合法，具有操作性。
(二)加强履约审计
履约审计是跟踪审计的重点。施工合同履行过程中经常出现违反合同的现象，如发包方未能准时拨付工程进度款、中途停工、固定造价合同遇到主要材料涨价风险过大、工程提前交付、逾期交付、拒绝验收、拖欠工程款、拒交工程等。跟踪审计人员应善于使用合同解决施工过程中出现的问题，最大限度地提高审计工作质量，防范审计风险。如某基坑支护工程，设计使用预应力锚杆喷浆支护，施工单位投标时按照端头螺栓锚固，其施工组织设计已经得到监理的认可。然而，在施工过程中发现，现场加工螺栓速度太慢，对其他工序造成影响。为保证工期，会议研究改螺栓锚固为自锁式夹片锚具，对施工方来说增加了一定的成本。但由于施工进度缓慢是施工方的原因，因此本着“谁的责任谁负责”的原则，明确增加的费用由施工方自行承担。
施工过程中的变更在所难免，应分清原因，由责任方赔偿损失。对勘探、设计、招标代理、监理等各方，在签署合同时都要明确规定各自的责、权、利，减少工程变更，保障工程建设顺利进行。
三、合同审计应注意的问题
审计人员应该对审计方法、审计程序和审计工作有深度的把握。既要保证审计工作本身的合法性又要保证审计工作的质量。跟踪审计的实质是在当事人签订合同时，审计人员以咨询服务的形式，对其不合理条款提出修改建议，最大限度地提升审计价值，保证合同行为目标的实现。
跟踪审计不能越位参与项目管理，如果从项目管理者的角度出发，开展审计工作，缺乏客观性，必然使得监督作用弱化，审计风险加大。所以，建设工程施工合同全过程跟踪审计，必须准确把握跟踪审计的控制点和介入深度，重点监督合同履行过程中的执行情况，解决工程中的争议问题。同时，要积极进行试点，总结经验，建立健全施工合同审计程序和审计规范，使合同审计逐步程序化、规范化、制度化，最大限度地提高审计工作质量，防范审计风险。